Về so sánh giữa Biofinder và ATP, điểm khác biệt chính là ATP được sử dụng để giám sát các tế bào đơn lẻ chứ không phải màng sinh học; trong khi Biofinder được thiết kế để phát hiện màng sinh học chứ không phải tế bào đơn lẻ. Giới hạn phát hiện của Biofinder là 10.000 tế bào/cm² – dưới ngưỡng này, Biofinder sẽ không phản ứng.
Ngược lại, ATP không phải là công cụ hiệu quả để lấy mẫu màng sinh học, đặc biệt là khi màng sinh học đã trưởng thành, do khả năng khuếch tán của ATP bên trong màng sinh học rất thấp. Trong những trường hợp như vậy, chỉ số ATP thu được sẽ thấp, dù thực tế có thể tồn tại một màng sinh học lớn và trưởng thành.
ATP và Biofinder là những công cụ bổ trợ, được sử dụng cho các mục tiêu khác nhau.